Hola buenas.
En principio, si has respetado la versión de SATA (2 ó 3) no deberías de tener problemas de compatibilidad.
Quizás el problema esté en cúal de los hdd se ha estropeado.
Si te fijas, en los modelos de Vaio con dos hdd, ambos van colocados en un adaptador metálico, uno de ellos tiene la palabra MASTER, habría que cerciorarse de si el hdd que se estropeó es el MASTER o el Secundario.
En cuanto al tema de las app y los drivers preinstalados los puedes descargar desde aquí:
http://www.sony.es/support/es/product/VGN-FW21L/updates
Ya nos cuentas.